Dans cet axe, notre équipe se propose d’étudier les facteurs d’émergence des virus respiratoires (en particulier les betacoronavirus et sarbecovirus) et leur évolution génétique et phylodynamique, de développer des outils permettant de mieux comprendre la physiopathologie des infections respiratoires, et de déterminer les interactions au sein du microbiome respiratoire.

Cet axe se décline donc en deux objets de recherche principaux :

  • dynamique des pathogènes respiratoires, émergence, évolution et physiopathologie
    a- Dynamique des coronavirus de la faune sauvage à leur émergence
    b- Dynamique génomique des SARS-CoV-2 et phylodynamie
    c- Dynamique des pathogènes respiratoires et physiopathologie
    d- Dynamique génomique des pneumoviridae et paramyxoviridae
  • dynamique et interactions du microbiome respiratoire.