THÉMATIQUES DE RECHERCHE
Les activités de recherche de l’unité se concentrent sur les pathogènes associés aux infections respiratoires et urinaires. De multiples questions scientifiques sont posées par ces infections majeures en santé publique, mais aussi dans un contexte de santé globale (One Health), qui doit prendre en compte les interactions Homme – environnement – monde animal. Ces infections peuvent en effet résulter de l’émergence de nouveaux pathogènes à partir de réservoirs animaux, mais aussi de l’émergence et de la diffusion de pathogènes multirésistants sélectionnés par l’espèce humaine (du fait d’une trop forte prescription d’antibiotiques) ou associés à un réservoir animal. Ces deux types d’infections posent des difficultés de prise en charge thérapeutique, soit par manque de connaissances physiopathologiques, de techniques diagnostiques ou de traitements efficaces (infections respiratoires), soit du fait de mécanismes d’échappement (persistance-résistance aux antibiotiques). De plus, les infections respiratoires et urinaires évoluent dans un monde microbien (spécifique de chaque tractus), qui interagit avec son hôte et les pathogènes, tentant de s’y développer. Ces infections, leur physiopathologie et leur sévérité ne sont donc pas le résultat de l’action unique d’un pathogène, mais le résultat d’interactions avec les microbiomes respiratoires ou urinaires, et pour certaines infections, de co-infections/surinfections virales et bactériennes.
La thématique de recherches de l’unité est donc l’étude de la dynamique des populations microbiennes (pathogènes et microbiomes) associées aux infections respiratoires et urinaires, selon un continuum de l’émergence à la prise en charge thérapeutique. Elle se décline selon deux orientations :
- la dynamique génomique et phénotypique des pathogènes associés aux infections respiratoires et urinaires, et ses conséquences épidémiologiques, physiopathologiques, cliniques, et thérapeutiques ;
- la dynamique et le rôle des microbiomes respiratoires et urinaires, au cours des infections ou de leur prise en charge thérapeutique.